孕期进行亲子关系的判定是可以的，但是方法必须是做羊膜穿刺或者阴道穿刺获取胎儿的羊水或绒毛以进一步获得胎儿的DNA信息。这是一种入侵式的检测方法，对于孕妇和孩子存在潜在的危险，但是对于今天的科学技术已经相当成熟，对于这样的鉴定和普通的产前检查没有太大的区别。
对于孕期如何做亲子鉴定：其实并不是只要确认怀孕了就可以做鉴定的，在孕期亲子鉴定的时间最早也要等到照B超确定怀孕8周以后由妇产科的医生通过阴道穿刺的方法获取胎儿的绒毛组织来作为胎儿的DNA样本，或者是等到孕妇怀孕16周以后也就是4个月的时候通过取羊水来做孕期亲子鉴定。
在孕期做亲子鉴定的结果和孩子出生后做鉴定是一样的。它的准确率不会因为所用的DNA样本的不同而不一样，更不会因为孩子没有出生和出生后所进行的检测出现不同的鉴定结果，因为DNA一旦形成是终身不会改变的。
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