单亲亲子鉴定一般是指在缺少双亲中的一方时候和所进行的检测（只有父亲或者母亲参与的鉴定）。在这里我们主要讨论在没有母亲参与的情况下，只有父子参与的DNA鉴定。
如果没有母亲的样本参与检测，只能以孩子和父亲的结果比较，在每一个位点上看孩子是否带有父亲的某一个等位基因，通过这些来判断父子在同一个基因位点上是否具有一致的基因。这样就可以得出孩子和父亲是否具有血缘关系，在没有母亲参与的情况下一样可以做，并且准确度也不用怀疑。在检测的过程中如果孩子和父亲之间有一个或者两个位点不符合，这样就要有16个位点加测到18个位点，另外能够提供母亲样本的话，最好让母亲也提供一份检材。这样就可以解决在单亲鉴定的过程中由于基因突变而引起的问题。如果参与鉴定的样本是父亲和女儿，解决突变除了加测位点提供母亲样本外，还可以更换试剂盒进行检查。
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